第39条 入国警備官は、容疑者が第二十四条各号の一に該当すると疑うに足りる相当の理由があるときは、収容令書により、その者を収容することができる。
２ 前項の収容令書は、入国警備官の請求により、その所属官署の主任審査官が発付するものとする。
もう一歩先へ 1項：
収容には本条の通常収容と要急収容の2通りの形態があります。
通常収容とは、主任審査官が発付する収容令書によって収容する場合です。
要急収容とは、収容令書の発付を待たずに収容し、収容後に主任審査官に収容令書の発付を請求する場合です。
cf.
入管法43条1項 要急事件
収容は通常収容が原則となりますが、どちらの収容も入国警備官がします。
収容後は、48時間以内に、入国審査官に引き渡すことになります。