第31条 登記機関は、次の各号のいずれかに該当する事実があるときは、遅滞なく、当該各号に定める登録免許税の額その他政令で定める事項を登記等の申請をした者又は登記等を受けた者（これらの者が二人以上ある場合には、そのうち登記機関の選定した者）の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に通知しなければならない。
一 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請が却下されたとき（第四項において準用する第三項の証明をする場合を除く。）。 当該納付された登録免許税の額
二 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつたとき（第三項の証明をする場合を除く。）。 当該納付された登録免許税の額
三 過大に登録免許税を納付して登記等を受けたとき。 当該過大に納付した登録免許税の額
２ 登記等を受けた者は、当該登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。）に記載した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、登録免許税の過誤納があるときは、当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等に係る第二十四条第一項又は第二十四条の二第二項に規定する期限が当該免許等をした日後であるときは、当該期限）から五年を経過する日までに、政令で定めるところにより、その旨を登記機関に申し出て、前項の通知をすべき旨の請求をすることができる。
３ 登記機関は、登記等を受ける者から登記等の申請の取下げにあわせて、当該登記等の申請書（当該登記等が第二十三条の官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合又は第二十四条の二第三項の規定により第二十一条から第二十三条までの規定を読み替えて適用する場合にあつては当該登記等に係る登記機関の定める書類とする。次項において同じ。）にはり付けられた登録免許税の領収証書又は印紙で使用済みの旨の記載又は消印がされたものを当該登記官署等における登記等について当該取下げの日から一年以内に再使用したい旨の申出があつたときは、政令で定めるところにより、当該領収証書又は印紙につき再使用することができる証明をすることができる。この場合には、第五項の申出があつたときを除き、当該証明を受けた領収証書又は印紙に係る登録免許税は、還付しない。
４ 前項の規定は、登記機関が、登記等の却下に伴い当該登記等の申請書を当該申請者に返付する場合において、当該申請書にはり付けられた登録免許税の領収証書又は印紙で使用済みの旨の記載又は消印がされたものを当該登記官署等における登記等について当該却下の日から一年以内に再使用させることを適当と認めるときについて準用する。
５ 第三項（前項において準用する場合を含む。）の証明を受けた者は、当該証明に係る領収証書又は印紙を再使用しないこととなつたときは、当該証明をした登記機関に対し、当該証明のあつた日から一年を経過した日までに、政令で定めるところにより、当該証明を無効とするとともに、当該領収証書で納付した登録免許税又は当該印紙の額に相当する登録免許税の還付を受けたい旨の申出をすることができる。この場合において、当該申出があつたときは、当該申出を新たな登記等の申請の却下又は取下げとみなして第一項の規定を適用する。
６ 第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該登録免許税の納付に係る登記等を受けることをやめる場合には、当該登録免許税を納付した者は、当該納付した日から六月を経過する日までに、政令で定めるところによりその旨を登記機関に申し出て、当該登録免許税の額その他政令で定める事項を当該登録免許税を納付した者の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に対し通知をすべき旨の請求をすることができる。
７ 第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該納付した日から六月を経過する日までに当該登録免許税の納付に係る登記等の申請をしなかつた場合には、前項の請求があつたものとみなす。
８ 登録免許税の過誤納金に対する国税通則法第五十六条から第五十八条まで（還付・充当・還付加算金）の規定の適用については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める日に納付があつたものとみなす。ただし、第四号に規定する登録免許税に係る過誤納金のうち同号に定める日後に納付された登録免許税の額に相当する部分については、この限りでない。
一 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請を却下した場合（第四項において準用する第三項の証明をした場合を除く。） 当該却下した日
二 第五項の申出があつた場合 当該申出があつた日
三 登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつた場合（第三項の証明をした場合を除く。） 当該取下げがあつた日
四 過大に登録免許税を納付して登記等を受けた場合 当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等を受けた日が当該免許等に係る第二十七条第二号に定める期限前であるときは、当該期限）
五 第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該登録免許税の納付の基因となる登記等の申請をしなかつた場合 第六項の申出があつた日（同項の申出がなかつた場合には、前項に規定する六月を経過する日）