住民票が消除される場合は、次の２つの場合があります。
在留期間満了により消除される場合
中長期在留者（永住者を除く）で、在留期限までに入国管理局で在留期間の申請をし許可されない場合は、入国管理局から市役所に在留期間満了の通知がされ、住民票が職権で消除されます。
一度住民票が消除された場合は、新たに在留カードが交付されても住民票は復活しませんので、14日以内に市役所に届出が必要です。
居住実態がないために消除される場合
住民票のある住所地に居住していない場合は住民票が消除されます。
長期間海外に行っており、住民票の所在地が空き家、住宅の契約の解除など居住実態がないと判断された場合は、再入国許可で（みなし再入国許可の場合も含む）出国していても住民票が消除されることがあります。この場合、日本に入国後住所を定めた日から14日以内に転入届をしないと住民票が作成されず国民健康保険や児童手当などの各種行政サービスが受けられないことになりますので、必ず転入届をしてください。
長期間海外に行かれた場合は、住民票が消除されたかどうかは分かりませんので、入国後市役所市民課に住民票が消除されていないか確認されることをお勧めします。
cf. 住基法30条の50 外国人住民に係る住民票の記載の修正等のための出入国在留管理庁長官からの通知cf. 住基法8条 住民票の記載等
cf. 住基法30条の46 中長期在留者等が住所を定めた場合の転入届の特例