第28条 申請の却下の決定書は，申請人に交付するもののほか，登記所に保存すべきものを1通作成しなければならない。
２ 登記官は，前項の登記所に保存すべき決定書の原本の欄外に決定告知の年月日及びその方法を記載して登記官印を押印し，これを日記番号の順序に従って決定原本つづり込み帳につづり込むものとする。
３ 第1項の場合には，受付帳に「却下」と記録し，書面申請にあっては，申請書に却下した旨を記載し，これを申請書類つづり込み帳につづり込むものとする。
４ 登記官は，不動産登記令（平成16年政令第379号。以下「令」という。）第4条ただし書の規定により一の申請情報によって2以上の申請がされた場合において，その一部を却下するときは，受付帳に「一部却下」と記録した上，書面申請にあっては，申請書に次の各号に掲げる却下の区分に応じ，当該各号に定める記録をしなければならない。
一 2以上の登記の目的に係る申請のうち一の登記の目的に係る申請についての却下却下に係る登記の目的についての記載の上部に，別記第43号様式による印版を押印し，当該登記の目的を記録すること。
二 2以上の不動産のうち一部についての却下却下に係る不動産の所在の記載の上部に，別記第43号様式による印版を押印すること。
5 規則第38条第2項の規定により申請人に送付した決定書の原本が所在不明等を理由として返送されたときでも，何らの措置を要しない。この場合において，当該返送された決定書の原本は，当該登記の申請書（電子申請にあっては，第32条第3項に規定する電子申請管理用紙）と共に申請書類つづり込み帳につづり込むものとする。
6 登記官は，規則第38条第3項ただし書の規定により添付書面を還付しなかった場合は，申請書の適宜の余白にその理由を記載するものとする。この場合において，還付しなかった添付書面は，当該登記の申請書と共に申請書類つづり込み帳につづり込むものとする。
7 捜査機関が申請書又は規則第38条第3項ただし書の規定により還付しなかった添付書面の押収をしようとするときは，これに応じるものとする。この場合には，押収に係る書面の写しを作成し，当該写しに当該捜査機関の名称及び押収の年月日を記載した上，当該書面が捜査機関から返還されるまでの間，前項の規定により申請書類つづり込み帳につづり込むべき箇所に当該写しをつづり込むものとする。
8 法第25条第10号の規定により却下する場合には，期間満了日の翌日の日付をもってするものとする。法第23条第1項の通知（以下「事前通知」という。）を受けるべき者から申請の内容が真実でない旨の申出があったとき又は通知を受けるべき者の所在不明若しくは受取拒絶を理由に当該通知書が返戻されたときも，同様とする。
不動産登記法15条 法務省令への委任
第15条 この章に定めるもののほか、登記簿及び登記記録並びに地図、建物所在図及び地図に準ずる図面の記録方法その他の登記の事務に関し必要な事項は、法務省令で定める。
不動産登記規則38条 申請の却下
第38条 登記官は、申請を却下するときは、決定書を作成して、これを申請人ごとに交付するものとする。ただし、代理人によって申請がされた場合は、当該代理人に交付すれば足りる。
２ 前項の交付は、当該決定書を送付する方法によりすることができる。
３ 登記官は、書面申請がされた場合において、申請を却下したときは、添付書面を還付するものとする。ただし、偽造された書面その他の不正な登記の申請のために用いられた疑いがある書面については、この限りでない。
もう一歩先へ 1項：
登記官の却下決定は。登記の申請が書面申請であるとオンライン申請であるを問わず、書面で作成した却下決定書の交付により行われます。
もう一歩先へ 3項：
申請情報については、適正に却下されたことを担保するために登記所に保管することになりますが、添付書類については、再度登記を申請する際に必要な書面も含まれていることなどから、申請人に還付されます。
偽造された書面等は、犯罪防止や捜査機関の証拠とするため還付されません。
不動産登記法44条 建物の表示に関する登記の登記事項
第44条 建物の表示に関する登記の登記事項は、第二十七条各号に掲げるもののほか、次のとおりとする。
一 建物の所在する市、区、郡、町、村、字及び土地の地番（区分建物である建物にあっては、当該建物が属する一棟の建物の所在する市、区、郡、町、村、字及び土地の地番）
二 家屋番号
三 建物の種類、構造及び床面積
四 建物の名称があるときは、その名称
五 附属建物があるときは、その所在する市、区、郡、町、村、字及び土地の地番（区分建物である附属建物にあっては、当該附属建物が属する一棟の建物の所在する市、区、郡、町、村、字及び土地の地番）並びに種類、構造及び床面積
六 建物が共用部分又は団地共用部分であるときは、その旨
七 建物又は附属建物が区分建物であるときは、当該建物又は附属建物が属する一棟の建物の構造及び床面積
八 建物又は附属建物が区分建物である場合であって、当該建物又は附属建物が属する一棟の建物の名称があるときは、その名称
九 建物又は附属建物が区分建物である場合において、当該区分建物について区分所有法第二条第六項に規定する敷地利用権（登記されたものに限る。）であって、区分所有法第二十二条第一項本文（同条第三項において準用する場合を含む。）の規定により区分所有者の有する専有部分と分離して処分することができないもの（以下「敷地権」という。）があるときは、その敷地権
２ 前項第三号、第五号及び第七号の建物の種類、構造及び床面積に関し必要な事項は、法務省令で定める。
不動産登記事務取扱手続準則78条 建物の個数の基準
第78条 効用上一体として利用される状態にある数棟の建物は，所有者の意思に反しない限り，1個の建物として取り扱うものとする。
２ 1棟の建物に構造上区分された数個の部分で独立して住居，店舗，事務所又は倉庫その他の建物としての用途に供することができるものがある場合には，その各部分は，各別にこれを1個の建物として取り扱うものとする。ただし，所有者が同一であるときは，その所有者の意思に反しない限り，1棟の建物の全部又は隣接する数個の部分を1個の建物として取り扱うものとする。
３ 数個の専有部分に通ずる廊下（例えば，アパートの各室に通ずる廊下）又は階段室，エレベーター室，屋上等建物の構造上区分所有者の全員又はその一部の共用に供されるべき建物の部分は，各別に1個の建物として取り扱うことができない。
もう一歩先へ 1項：
効用上一体として利用される状態にある複数の建物は、所有者の意思に反しない限り、1個の建物として取り扱うことを定めています。
例えば、母屋と離れて蔵がある場合に、所有者が同じであり、母屋に従属する形で蔵が利用されていれば、これらの建物は、所有者の意思に反しない限り、1個の建物として取り扱うものとしています。
この場合には、母屋を主たる建物とし、蔵を附属建物として、一つの登記記録に記録して公示されます。
cf. 不動産登記法44条1項5号 建物の表示に関する登記の登記事項不動産登記法69条 死亡又は解散による登記の抹消
第69条 権利が人の死亡又は法人の解散によって消滅する旨が登記されている場合において、当該権利がその死亡又は解散によって消滅したときは、第六十条の規定にかかわらず、登記権利者は、単独で当該権利に係る権利に関する登記の抹消を申請することができる。
もう一歩先へ
不動産登記法27条 表示に関する登記の登記事項
第27条 土地及び建物の表示に関する登記の登記事項は、次のとおりとする。
一 登記原因及びその日付
二 登記の年月日
三 所有権の登記がない不動産（共用部分（区分所有法第四条第二項に規定する共用部分をいう。以下同じ。）である旨の登記又は団地共用部分（区分所有法第六十七条第一項に規定する団地共用部分をいう。以下同じ。）である旨の登記がある建物を除く。）については、所有者の氏名又は名称及び住所並びに所有者が二人以上であるときはその所有者ごとの持分
四 前三号に掲げるもののほか、不動産を識別するために必要な事項として法務省令で定めるもの
法務省令 4号：
不動産登記法34条 土地の表示に関する登記の登記事項
第34条 土地の表示に関する登記の登記事項は、第二十七条各号に掲げるもののほか、次のとおりとする。
一 土地の所在する市、区、郡、町、村及び字
二 地番
三 地目
四 地積
２ 前項第三号の地目及び同項第四号の地積に関し必要な事項は、法務省令で定める。
改正前不動産登記法63条 判決による登記等
不動産登記法89条 抵当権の順位の変更の登記等
第89条 抵当権の順位の変更の登記の申請は、順位を変更する当該抵当権の登記名義人が共同してしなければならない。
２ 前項の規定は、民法第三百九十八条の十四第一項ただし書の定めがある場合の当該定めの登記の申請について準用する。
cf.
民法374条 抵当権の順位の変更